संभाव्यता के लॉगरिदम की गणना (एलओडी स्कोर) कैसे करें

LOD स्कोर, या संभाव्यता का लॉग, आनुवंशिक संबंध विश्लेषण में प्रयुक्त आनुवंशिक परीक्षण है। एलओडी स्कोर टेस्ट डेटा प्राप्त करने की संभावना की तुलना करता है यदि दो लोकी बाध्य नहीं हैं।

सामग्री

चरणों

विधि 1जब वंश छोटा होता है
विधि 2जब संतान बड़े हैं

युक्तियाँ
आवश्यक सामग्री

चरणों

एलओडी स्कोर गणना में दो मामले हैं। सबसे अधिक संभावना तब होती है जब आपके पास बहुत ही कम संख्या वाले संतान हों इस स्थिति में, "जब बच्चा छोटा होता है" शीर्षक के तहत विधि का उपयोग करें। तो वंश छोटा है और recomebinantes की संख्या नहीं मिल रहा पुनः संयोजक उन्हें सही ढंग से जीन के बीच आनुवंशिक दूरी (जो मानव आनुवंशिकी में दुर्लभ है) विधि हकदार उपयोग कर रहा है "वंश महान है जब।"

विधि 1
जब वंश छोटा होता है

दो जीनों (0 और 0 और 50 सेमी के बीच) के बीच एक निश्चित आनुवंशिक दूरी का अनुमान करें। मान लें कि यह आनुवंशिक दूरी (आर) 0.1 के रूप में लेता है।

मान लें कि 13 व्यक्ति हैं, जिनमें से 2 पुनः संयोजक हैं गैर-पुनर्संयोजन की संभावना 1-आर = 1-0.1 = 0.9 होगी

जैसा कि आप प्रत्येक जीनोटाइप को ट्रैक करना चाहते हैं, 2 से विभाजित करें: (1-आर) / 2 = 0.45 पुनः संयोजक की संभावना r / 2 = 0.1 / 2 = 0.05 होगी

डेटा संभावना है कि दोनों जीन से जुड़े होते हैं है ((आर / 2) ^ आर) * (((1-आर) / 2) ^ एनआर), जहां आर = पुनः संयोजक और एन.आर. = गैर रिकोम्बिनेंट्स की # के #। फिर, डेटा की संभावना है, तो दो जीन जुड़े हैं ((0,45) ^ 11) * ((05) ^ 2)
डेटा की संभावना यदि दो जीन बाध्य नहीं हैं (0.25) ^ (आर + एनआर) = (0.25) ^ 13
अब संभावनाओं का लघुगणक = (यदि दो जीन जुड़े हुए हैं तो डेटा की संभावना) / (डेटा की संभावना यदि जीन जुड़ा नहीं है)। उसके बाद, संभावना लॉगरिदम = ((((5) ^ 2) * ((0.45) ^ 11)) / ((0.25) ^ 13) = 25.7
ओएलओडी स्कोर लॉग 10 (25.7) = 1.41 होगा।

0, 0.01, 0.03, 0.05, 0.3 r 0.5 के लिए इस प्रक्रिया को दोहराएं।

आपके पास सबसे ज्यादा LOD स्कोर आपका सही जवाब है। अनुमानित आनुवंशिक दूरी संभवतः ब्याज के दो जीनों के बीच वास्तविक दूरी के करीब है।

विधि 2
जब संतान बड़े हैं

ब्याज की दो जगहों के लिए वंशावली सेट करें अधिक डेटा जो आप इकट्ठा करते हैं, बेहतर है।

पुनः संयोजकों की संख्या और गैर-पुनः संयोजक की संख्या निर्धारित करें। उदाहरण के लिए, मान लीजिए कि एलेल्स ए 1 और बी 1 में स्थान 1 एक माता-पिता से आते हैं और ए 2 और बी 2 नॉलोकस 2 दूसरे माता-पिता से आते हैं। ए 1 बी 1 या ए 2 बी 2 को संभालते हुए संतान गैर-पुनः संयोजक हैं और ए 1 बी 2 या ए 2 बी 1 के उत्तराधिकारी पुनः संयोजक हैं।

परिणामों को प्राप्त करने की संभावना की गणना, यह मानते हुए कि दो लोकी जुड़े हुए हैं। यह द्वारा ((आर / (आर + एनआर)) ^ आर) * ((1- (आर / (आर + एनआर))) ^ एनआर), निर्धारित किया जाता है जहां आर = रिकोम्बिनेंट्स की संख्या, एन.आर. = गैर रिकोम्बिनेंट्स की संख्या।

उदाहरण के लिए, रक्त समूह प्रणाली में मनसे, एम और एस जुड़े हुए हैं और एन और बाध्य हैं। मान लीजिए कि 100 यादृच्छिक व्यक्तियों में, 25 में एमएस हैंप्लोटाइप था, 30 में एमएस हैंप्लोटाइप था, 6 एनएस हाप्लोटाइप थे और 39 में हैप्लोटाइप एनएस थे। चूंकि एम और एस संलग्न हैं और एन और एस संलग्न हैं, एमएस और एनएस गैर-पुनः संयोजक हैं और एमएस और एनएस पुनः संयोजक हैं।
इस प्रकार, रिकोम्बिनेंट्स की संख्या = आर = 30 + 6 = 36 है, जबकि गैर पुनः संयोजक की संख्या = एन.आर. = 25 + 39 = 64 रिकोम्बिनेंट्स की आवृत्ति आर / (आर + एनआर) है = 36 / (36 + 64) = 0.36
यह सोचते हैं कि लोकी जुड़े हुए हैं परिणाम प्राप्त होने की संभाव्यता इसलिए ((0,36) ^ 36) * ((1- (0,36)) ^ 64) = 4,19187538 * 10 ^ -29 है।

यह मानते हुए परिणाम प्राप्त करने की संभावना की गणना करें कि दो लोकी बाध्य नहीं हैं। यह 0.5% (एनआर + आर) द्वारा प्रदान किया गया है। उपरोक्त उदाहरण में, यह 0.5% (64 + 36) = 0.5 ^ 100 = 7.88860905 × 10 ^ -31 है।

यह मानते हुए कि दो लोकी बाध्य हैं (उपरोक्त चरण 3 से) परिणामों को प्राप्त करने की संभावना से बंधे हुए हैं कि दो लोकी बाध्य नहीं हैं (उपरोक्त चरण 4 में) से परिणाम प्राप्त करने की संभावना को विभाजित करें। हमारे उदाहरण के लिए, यह 4.19187538 * 10 ^ -29 / 7.88860 9 5 × 10 ^ -31 = 53.14 के बराबर है।

ऊपर दिए गए अनुपात (चरण 5) के एल्गोरिदम 10 का आधार लें। उदाहरण के लिए, यह लॉग के बराबर है 53.14 = 1.73

युक्तियाँ

लॉड स्कोर व्याख्या के लिए, 3.0 से अधिक एक लोद स्कोर को लिंक करने के प्रमाण के रूप में माना जाता है। +3 का एक एलओडी स्कोर 1 से 1000 मौकों को इंगित करता है कि देखा गया लिंक मुक्ति से उत्पन्न नहीं होता है। दूसरी ओर, -2.0 के एक लोद स्कोर को लिंक अपवर्जन के प्रमाण माना जाता है। उपर्युक्त उदाहरण में, +1.73 के एलओडी स्कोर के साथ, लिंक का सुझाव दिया जाता है, लेकिन इसकी पुष्टि नहीं की जाती। विश्लेषण के लिए लिंक होने पर डेटा पॉइंट की बड़ी संख्या में एलओडी स्कोर बढ़ेगा।